KAIST 생명과학과동창회
  • News & Events
  • 생명과학의 역사를 쓰는 사람들 Research Highlights

생명과학의 역사를 쓰는 사람들 Research Highlights

Extra Form
인터뷰 인선아
논문 Suna In, Yong-In Kim, J. Eugene Lee and Jaehoon Kim, (2019) RNF20/40-mediated eEF1BL monoubiquitylation stimulates transcription of heat shock-responsive genes. Nucleic Acids Research, https://doi.org/10.1093/nar/gkz006
한줄요약 RNF20/40의 eEF1BL 유비퀴틴화를 통한 열충격유전자 발현 조절 기작을 제시하다
figure.jpg

<RNF20/40에 의한 열충격유전자 발현 조절 메커니즘>



1. 배경지식

   진핵생물에서 DNA는 히스톤 단백질과 함께 뉴클레오좀이라는 단위로 존재합니다. 히스톤에는 Methylation, Acetylation, Phosphorylation, Ubiquitylation 등의 다양한 번역 후 수정(Post-translational modification)이 존재하여 전사인자를 비롯한 세포 내 여러 단백질들과의 상호작용 및 크로마틴 구조 등에 영향을 줍니다. 히스톤 H2B120번째 lysine에 존재하는 monoubiquitylation은 전사가 활발하게 일어나는 유전자 영역에 많이 분포하며, 전사 활성의 또 다른 대표적인 표지인 H3K4 methylation, H3K79 methylation의 선행조건으로도 잘 알려져 있습니다. 그래서 수많은 연구자들이 H2B ubiquitylation이 없을 때 어떠한 현상이 일어나는지 알아보기 위해, H2B K120E3 ligaseRNF20/40 complexknockdown시켰을 때 나타나는 변화들에 대해 연구했습니다. 이러한 연구들은 RNF20/40H2B ubiquitylation 말고 다른 기작을 통해서도 유전자 발현 조절에 중요한 역할을 하며, 세포의 생존이나 암 억제 등에서도 중요한 역할을 하고 있음을 보여주었습니다.


2. 질문

   앞서 배경지식에서 언급했듯이, RNF20/40H2B ubiquitylation 이외의 다른 기작을 통해서도 전사를 비롯한 세포 내 여러 기전에서 중요한 역할을 합니다. 또한, 효모에서는 RNF20/40homologBre1deletion한 균주가 H2B ubiquitylation sitelysine에서 arginine으로 변형시킨 균주보다 더 DNA damage에 취약하다는 보고가 있었습니다.  따라서 RNF20/40가 히스톤 H2B가 아닌 알려지지 않은 타겟의 ubiquitylation을 통해 이러한 역할을 할 것이라고 생각하였습니다.


3. 발견

   먼저 RNF20/40의 타겟 단백질 스크리닝을 위해 Immunoprecipitation-Mass spectrometry를 통해 RNF20/40와 상호작용을 하는 단백질들을 동정하였습니다. RNF20/40가 세포 내에서 핵 안에 존재하고, 전사에서 중요한 역할을 한다는 점에 착안하여 eEF1BdL이라는 열충격유전자 전사인자를 후보로 선정하였습니다. 생화학적 분석 기법을 통해 eEF1BdLRNF20/40의 상호작용을 확인하였고, eEF1BdL381번째 lysinemonoubiquitylation시키는 것을 확인하였습니다. 이러한 RNF20/40에 의한 ubiquitylationeEF1BdL에 의해 매개되는 열충격유전자 전사를 증가시켰는데, 첫 번째 기전은 (모델 그림의 빨간색 화살표 (i)) eEF1BdL이 타겟 유전자의 프로모터 영역에 recruitment가 증가하는 것입니다. 두 번째 기전은 (모델 그림의 빨간색 화살표 (ii)) 전사의 개시(initiation)에서 신장(elongation)단계로 넘어가는데 중요한 역할을 하는 p-TEFb (Positive Transcription Elongation Factor)와의 결합이 ubiquitylation에 의해 증가하는 것입니다. 또한, RNF20/40ubiquitylationindependent하게도 열충격유전자 전사를 증가시키는 기작을 밝혀내었습니다. (모델 그림의 빨간색 양방향 화살표 3) HSF1 (Heat Shock Factor 1)이라고 하는 열충격유전자 전사에서 중요한 역할을 하는 전사인자와 eEF1BdL, RNF20/40가 함께 상호작용하며 열충격유전자 전사에서 시너지효과를 내는 것을 확인할 수 있었습니다.


4. 후속

   연구는 분자적 수준에서의 열충격유전자 전사조절 메커니즘에 초점을 맞추어 진행하였는데, RNF20/40에 의한 ubiquitylation-dependent/independent 메커니즘이 열충격유전자의 전체적인 발현 양상에 어떠한 영향을 주는지 genome-wide study를 통한 규명 또 한 좋은 후속 연구가 될 것입니다. 또 질량분석 결과로 나온 interactome들 중, RNF20/40의 또 다른 ubiquitylation 타겟을 찾거나 ubiquitylation이 되지 않더라도 RNF20/40와의 상호작용을 통한 세포 현상을 조절하는 단백질을 찾는다면 상당히 흥미로운 연구가 될 것입니다.


5. 소감

   실험이 잘 되지 않을 때도 있었고 제가 생각한 가설이 틀릴 때도 있었지만, 그렇게 조금씩 앞으로 나아가며 논문의 줄거리가 완성되어가는 과정은 정말 즐겁고 뿌듯했습니다. 학부 시절 반복하던 교과서와 렉쳐노트를 암기하는 공부가 아니라 질문에 대한 대답을 스스로 찾아가는 과정이었기에 더 흥미를 느끼고 몰두할 수 있었던 것 같습니다.


6. 기타

   학위 기간 동안 많은 것을 가르쳐주시고 열정적으로 연구지도를 해주신 김재훈교수님께 감사의 말씀을 드립니다. 타겟을 선정하거나 실험을 하는 데에 있어서 제가 하고 싶은 방향으로 자유롭게 할 수 있도록 존중해주시며, 전체적인 큰 그림을 잘 잡아주신 덕분에 좋은 논문이 완성될 수 있었다고 생각합니다. 질량분석 실험을 도와주시고 여러 학회에서 발표할 기회를 주신 표준과학연구원 이진환박사님, 김용인박사님께도 감사를 드립니다. 덕분에 질량분석을 비롯하여, 다양한 분야에서 과학적 견문을 넓힐 수 있었습니다. 지치고 힘들 때마다 항상 저를 응원해준 고마운 친구들과 무한한 사랑으로 저를 믿고 지지해준 우리 가족에게도 감사를 드립니다. 주변 사람들이 큰 힘이 되어준 덕분에 학위 과정을 무사히 마칠 수 있었습니다.


  1. 유도현 (바이오나노의약 실험실, 전상용 교수님)

    질문 염증성 장 질환을 효과적으로 표적할 수 있는 약물 전달 플랫폼 개발 필요 염증 조직 특이적인 당 결합 단백질 발현 양상을 활용한 표적 치료 전략 개발 가능성 발견 장내 균의 당질층은 장 표면의 당질층 혹은 당 결합 단백질과 결합함. 염증성 장 질환...
    Date2024.02.26 By생명과학과 Views56
    Read More
  2. 유미란(신경회로망 연구실, 한진희 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 기억이 어떻게 형성 되어서, 어떻게 평생에 거쳐 저장되고 유지될 수 있을지를 밝히는 것은 매우 흥미로운 일입니다. 처음 획득한 기억이 안정화 되기 위해서는 기억에 중요한 여러 유전자의 발현이 필수적입니...
    Date2017.10.30 By생명과학과 Views4096
    Read More
  3. 유병준 (바이오나노의약 연구실, 전상용 교수님)

    < 펩타이드-항체 복합체 구성 및 항암 작용기작 > 1. 배경지식 펩타이드의약품이란, 약 40여개 이하의 아미노산으로 이루어진 물질로 주로 화학적인 합성을 통해서 생산하는 의약품을 말합니다. 펩타이드의약품은 질병 관련 표적에 특이적 결합으로 인해 임상...
    Date2019.01.09 By생명과학과 Views4996
    Read More
  4. 유이슬 (생체분자공학 연구실, 김학성 교수님)

    <합리적 설계가 가능한 핵단백질 나노 입자와 암세포로의 표적화 및 치료 단백질 전달> 1. 배경지식 지난 수 십년 간 다양한 질병의 진행과 관련한 분자적 기작에 대한 연구 결과가 나오면서 세포 외부에 존재하는 생체 분자뿐만 아니라, 세포 내부의 다양한 ...
    Date2018.11.12 By생명과학과 Views4618
    Read More
  5. 윤정민(에피제네틱스 구조생물학 실험실, 송지준 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 우리 몸에 중요한 유전정보를 담고 있는 DNA는 Histone octamer에 146 base pair가 감겨 있는 nucleosome이라는 기본단위로 이루어진 chromatin 형태로 보관이 되어집니다. DNA 복제 과정에서는 DNA가 복제가 ...
    Date2017.10.20 By생명과학과 Views5843
    Read More
  6. 이동윤(바이오나노의약 실험실, 전상용 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 황달 유발의 주요 물질이자 간 질환의 지표로 사용되어 온 빌리루빈은 다른 한편으로는 많은 염증 질환을 조절할 수 있는 체 내의 강력한 항산화제로 밝혀져 큰 주목을 받아 왔습니다. 본 실험실에서는 과거 이...
    Date2017.10.24 By생명과학과 Views4183
    Read More
  7. 이민지(바이오이미징/광유전학 실험실, 허원도 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 세포는 외부 환경으로부터 오는 변화를 수용체를 통해서 인식하고, 그 신호를 세포 내부로 전달하는데, 이를 통해서 세포 내에서 여러 기능들이 조절됩니다. 이러한 수용체 중 TGF-β receptor는 TGF-β와 결합하...
    Date2018.02.05 By생명과학과 Views4050
    Read More
  8. 이승준_(분자신경생물학 연구소, 김은준 교수님 )

    1. 배경지식 자폐증(자폐 스펙트럼 장애, Autism spectrum disorders)은 뇌 발달장애의 한 종류로서, 세계 인구의 약 2%가 앓고 있습니다. 사회성 및 인지능력 저하가 주요 증상으로 꼽히지만 정확한 메커니즘은 알려지지 않았습니다. 이전에 저희 연구실에서...
    Date2021.09.01 By생명과학과 Views94559
    Read More
  9. 이용현 (바이오나노의약 연구실, 전상용 교수님)

    <항암제가 로딩된 바이오틴-빌리루빈 나노약물전달시스템의 항암효능 메커니즘> 1. 배경지식 종양미세환경은 암발생 및 발달, 약물 저항성, 면역억제 그리고 암전이에 있어서 중요한 역할을 하고 있음이 많은 연구결과를 통해서 밝혀지고 있습니다.. 그러한 ...
    Date2018.07.04 By생명과학과 Views5848
    Read More
  10. 이윤정 (에피제네틱스 구조생물학 연구실, 송지준 교수님)

     <그림. MRG15 binding to ASH1L releases the autoinhibitory loop, and activates ASH1L histone methyltransferase activity> 1. 배경지식 DNA는 히스톤 H2A, H2B, H3, H4가 각각 한 쌍씩 8개로 결합해 이루어진 octamer에 감겨, 크로마틴의 가장 기본 단...
    Date2019.03.28 By생명과학과 Views3277
    Read More
  11. No Image

    이정운 (후성유전체 및 계산생물학 연구실, 정인경 교수님)

    <질문> 파킨슨 병에 기여하는 후성유전학적 특징들은 무엇일까? <발견> 단일세포 유전체 기술과 3차원 후성유전체 기술을 접목하여 뇌 환경 유지에 주요한 역할을 하는 희소돌기아교세포(oligodendrocyte)와 미세아교세포(microglia)의 후성 유전적 인자들이 ...
    Date2024.02.26 By생명과학과 Views21
    Read More
  12. 이준우(크로마틴생물학 실험실, 이대엽 교수)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 본 논문은 제가 Nature Communications 에 개제하였던 연구 내용을 긍정적으로 평가한 <Transcription> 이라는 잡지사에서 제 논문에 관한 review 논문을 작성해 달라는 부탁을 보내와서, 제가 발표했던 연구 ...
    Date2017.09.25 By생명과학과 Views5289
    Read More
  13. 이준혁(신경교세포 연구실, 정원석 교수님)

    배경지식과 질문 성인 뇌는 기억형성이나 무언가를 인지할 때 시냅스를 만들고 없애는 과정을 끊임없이 반복합니다. 하지만 여전히 어떠한 기전에 의해서 시냅스가 없어지는지, 그리고 굳이 시냅스를 왜 제거하고 있는지는 잘 알려진 바가 없었습니다. 뇌의 ...
    Date2021.08.17 By생명과학과 Views2396
    Read More
  14. 이진형, 김보람, 김병수, 황가영, 이유진 (신경내부인지 연구실, 서성배 교수님)

    1. 배경지식 초파리에서 GAL4-UAS system은 특정 부위에 특정 유전자를 발현시킬 수 있게 해 줍니다. GAL4는 yeast transcription activator protein이고 UAS는 GAL4가 특정적으로 붙는 enhancer인데 GAL4가 있으면 UAS를 enhancer로 가지는 유전자의 전사가 ...
    Date2020.12.29 By생명과학과 Views1358
    Read More
  15. 이한솔 (구조생명과학 연구실, 오병하 교수)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 현미경을 통해서만 볼 수 있는 조그마한 우리의 세포 속에는 2m가 넘는 기다란 DNA가 들어있습니다. 이 DNA들이 헝클어지지 않고 정상적으로 기능하도록 단단하게 응축(condensation) 시켜주는 단백질이 존재하...
    Date2017.08.21 By생명과학과 Views10375
    Read More
  16. 이한솔 (기억생물학 연구실, 한진희 교수님)

    기억 리콜 때 CA1 뉴런의 활성을 측정한 결과, 학습에 의해 활성이 증가하는 세포 앙상블이 있음을 확인함. 또한 이 활성 증가가 기억 리콜 때 측정한 freezing (공포 기억 리콜 인덱스) 수준과 유의미한 상관관계가 있음을 규명.
    Date2024.02.23 By생명과학과 Views36
    Read More
  17. 이한솔 박사 (치료 단백질 디자인 & 구조생물학 실험실, 오병하 교수님)

    질문 여러 종류의 단백질 센서를 만들 수 있는 플랫폼을 개발할 수 있을까 발견 개발된 단백질 시스템은 마치 레고 블록처럼 사용돼 여러 다양한 단백질 센서를 용이하게 제작하는데 쓸 수 있는 플랫폼을 제공한다. 이번 연구에서는 B형 간염 바이러스 단백질...
    Date2024.02.22 By생명과학과 Views32
    Read More
  18. 인선아 (진핵세포전사 연구실, 김재훈 교수님)

     <RNF20/40에 의한 열충격유전자 발현 조절 메커니즘> 1. 배경지식 진핵생물에서 DNA는 히스톤 단백질과 함께 ‘뉴클레오좀’이라는 단위로 존재합니다. 히스톤에는 Methylation, Acetylation, Phosphorylation, Ubiquitylation 등의 다양한 번역 후 수정(Post-...
    Date2019.02.07 By생명과학과 Views2733
    Read More
  19. 임소연 (신경발달 및 재생 연구실, 김진우 교수님)

    질문 신경 조직의 유한한 세포 수는 전구세포의 분열한계 때문일까? 발견 피부나 간 등과 달리 대부분 신경조직을 구성하는 세포는 발달 과정에서만 생성되고 성체에서는 만들어지지 않음. 이는 신경조직 내 줄기세포가 분열한계에 이르러 더 이상 신규세포를...
    Date2024.02.22 By생명과학과 Views29
    Read More
  20. 장성민 (에피제네틱스 구조생물학 연구실, 송지준 교수님)

    < Cryo Electrom Microscopy (Cryo-EM) 으로 규명한 DOT1L – 유비퀴틴 뉴클레오좀 복합체 구조 > < 정상적인 뉴클레오좀 (파란색, 녹색)과 비교했을 때, DNA가 풀려 사라지고 히스톤 2차 구조가 손실되는 불안정화 현상이 관찰됨 (빨강) > 1. 배경지식 Histon...
    Date2019.04.19 By생명과학과 Views3961
    Read More
Board Pagination Prev 1 2 3 4 5 6 Next
/ 6