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생명과학의 역사를 쓰는 사람들 Research Highlights

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인터뷰 이윤정
논문 Yoonjung Lee, Eojin Yoon, Saehyun Cho, Sigrun Schmähling, Jürg Müller, and Ji-Joon Song (2019) Structural Basis of MRG15-Mediated Activation of the ASH1L Histone Methyltransferase by Releasing an Autoinhibitory Loop. Structure, Published February 2019. https://doi.org/10.1016/j.str.2019.01.016
한줄요약 ASH1L-MRG15 복합체의 구조규명을 통해 MRG15에 의한 후성 유전 단백질 ASH1L의 활성 조절 기작 제시
이윤정.2.jpg

<그림. MRG15 binding to ASH1L releases the autoinhibitory loop, and activates ASH1L histone methyltransferase activity>


1. 배경지식

     DNA 히스톤 H2A, H2B, H3, H4 각각 쌍씩 8개로 결합해 이루어진 octamer 감겨, 크로마틴의 가장 기본 단위인

nucleosome 이룹니다. 히스톤 단백질의 N-말단 꼬리에는 methylation, acetylation, ubiquitination 다양한 종류의 변형이

일어나게 되고, 그에 따라 유전자 발현이 조절 되게 됩니다.  ASH1L Ash1 포유류 동족체 (mammalian homolog)로서,

히스톤 H3 K36 메틸 전이 효소 (Methyltransferase) 입니다. ASH1L 의해 생성된 H3K36me2 포유류와 초파리에서 유전자 전사를 촉진시킨다고 알려진 바가 있습니다. 2011년도에 ASH1L catalytic domain 구조 규명을 통해, ASH1L 기질 결합 포켓 (substrate binding pocket) 자동 억제 루프(Auto-inhibitory loop) 의해 가려짐에 따라, 제한적인 메틸 전이 효소 활성(Methyltransferase activity) 보인다는 것이 밝혀졌습니다 (An et al., 2011). 그리고, 발표된 연구결과에서 ASH1L MRG15 Caf1(p55) 복합체를 이룬다는 것이 알려졌고, MRG15 ASH1L 결합함에 따라 ASH1L 메틸 전이 효소 활성이 증가하는 것이 밝혀졌습니다 (Schhling et al., 2018, Huang et al., 2017). 이에 따라, MRG15 결합에 의해 ASH1L 활성이 촉진되는 자세한 기작을 알아보기 위해, 구조생화학적 접근으로 ASH1L-MRG15복합체에 대해 연구하게 되었습니다.


2. 질문

    MRG15 결합이 어떻게 후성 유전 단백질 ASH1L 활성을 촉진 시키는가?


3. 발견

    ASH1L-MRG15 복합체를 발현, 정제, 결정화 시켜 구조를 규명함에 따라서 ASH1L MRG15 서로 상호작용 하는 그림을 더 잘 이해할 있게 되었습니다. 우선, 규명된 구조가ASH1L MRG15 결합이 conserved FxLP motif 통해 이루어진다고 발표된 이전의 연구결과(Schhling et al., 2018) 상응하는 것을 확인했습니다. ASH1L 경우, motif 아미노산 F-Q-L-P 이루어져 있는데, 부분과 MRG15 C-말단에 존재하는 MRG domain 긴밀하게 상호작용하는 것을 관찰할 있었습니다. FQLP 중요성을 시험해 보기 위해, F (Phenylalanine) L (Leucine) 돌연변이 단백질로 각각 정제된 ASH1L 단백질과 wildtype MRG15 단백질의 Pull-down 실험을 진행한 결과, 돌연변이가 상호작용을 감소시키는 것으로 확증되었습니다. 뿐만 아니라, 외에 ASH1L MRG15 상호작용 하는 데에 주요역할을 것으로 보이는 아미노산을 (R265, R269 of MRG15) 추려서 똑같은 방법으로 실험을 진행하였고, 이들 역시 상호작용을 저해하는 것으로 확인되었습니다. 또한, 흥미로운 것은 얻게 종류의 구조에서 모두 ASH1L auto-inhibitory loop 존재하던 post-SET 도메인 부분이 상당히 disorder 되어있었다는 점입니다. 비록, 아쉽게도 resolution 제한으로 부분의 명확한 구조는 얻지 못했지만, MRG15 결합에 의해 auto-inhibitory loop 변화가 일어나며, 이로써 ASH1L 활성이 조절된다는 것으로 결론지을 있었습니다.


4. 후속

   앞서 언급했듯이, ASH1L 복합체를 이룬다고 알려진 단백질은 MRG15외에도 Caf1(p55) 있고, 복합체 내에서 p55 역할은 정확히 알려진 바가 아직 없기에, 이에 대한 후속 연구가 진행 중에 있습니다. 또한, 이번 논문에는 싣지 못했지만, 여러 실험을 통해서 nucleosome 달린 extra DNA 길이에 따라 ASH1L-MRG15 활성이 변하는 것을 관찰하였고, nucleosomal environment 차원의 ASH1L-MRG15활성을 위한 요건이 존재할 것으로 생각됩니다. 그리고, histone methyltransferase assay 실험을 통해서, ASH1L Chromodomain 포함한 full-length MRG15(a.a. 1-323) 복합체를 이루었을때, MRG domain(a.a.151-323) 포함한 MRG15보다 많은 활성을 보이는 것으로 관찰되었습니다. 이에 따라, ASH1L-MRG15복합체의 활성에 대한 MRG15 Chromodomain 역할이 무엇인지도 알아볼 있을 것으로 기대됩니다.


5. 소감

   2018 참석했던 학회에서 동일한 구조로 연구를 진행하고 있는 그룹에 대한 소식을 듣고, 그룹과 논의 , 예정보다 급하게 논문을 마무리 짓게 되었습니다. 그간 프로젝트에 대해 그리고 있던 그림이 바뀌고, 계획되어 있던 실험들이 갑자기 들이닥친 deadline 맞춰 없어지거나 뒤로 미뤄져야 하는 상황에 시점에 가지고 있던 데이터로 어떻게 의미 있는 스토리를 만들 있을까 고민하는 과정이 쉽지 않았습니다. 연구가 진행됨에 따라서, 기존에 있던 가설들이 바뀔 있고 이에 침착하게 대응하며 열린 마음으로 연구에 임해야 함을 배우게 되었습니다.


6. 기타

   물심양면으로 연구지도를 해주신 송지준 교수님, 그리고 많은 면에서 도움을 아끼지 않은 실험실 동료들에게 감사의 말씀을 드립니다.









  1. 정선혜(세포분열분화발생 실험실, 임대식 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. Non-Alcoholic Fatty Liver Disease (NAFLD, 비알콜성지방간)/ Non-Alcoholic Steatohepatitis (NASH, 비알콜성지방간염)은 이름 그대로 알코올섭취와 상관없이 생기는 지방간 또는 지방간염으로서, 비만인구 ...
    Date2018.03.05 By생명과학과 Views8116
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  2. 이민지(바이오이미징/광유전학 실험실, 허원도 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 세포는 외부 환경으로부터 오는 변화를 수용체를 통해서 인식하고, 그 신호를 세포 내부로 전달하는데, 이를 통해서 세포 내에서 여러 기능들이 조절됩니다. 이러한 수용체 중 TGF-β receptor는 TGF-β와 결합하...
    Date2018.02.05 By생명과학과 Views4050
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  3. 변현종(카이스트 부설 한국과학영재학교 미생물공학실, 안정훈 교수님) - 카이스트 생명과학과 학부생

     ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 타입 I 분비 시스템(T1SS) 중 “폴리펩타이드를 수송하는 ABC 수송체”들의 단백질 분비 특성에 관해 연구한 논문입니다. 우리는 Pseudomonas fluorescens 박테리아가 보유한 ABC 수송체인 “TliDEF계”를 모델 시...
    Date2018.02.05 By생명과학과 Views3213
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  4. 송요셉(시스템 및 합성 생물학 연구실, 조병관 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 화석연료는 에너지 연료로만 사용되는 것이 아니고, 정유시 발생하는 석유화학제품도 제약, 섬유 산업 등 다양한 분야에서 활용되고 있습니다. 화석연료 고갈 문제 및 사용시 발생하는 환경문제를 해결하기 ...
    Date2018.02.05 By생명과학과 Views3114
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  5. 신정환(시스템신경과학 연구실, 정민환 교수님)

      ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 기저핵은 신경계에서 대표적으로 강화학습과 수의적인 운동에 중요한 부위로 알려져 있습니다. 강화학습이란 예측한 기대치 (Expected value)와 실제 결과 (Outcome)의 차이 (Reward prediction err...
    Date2018.01.29 By생명과학과 Views5919
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  6. 유다영(동물세포공학 연구실, 이균민 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 현재 mammalian 세포에서 생산되는 단백질 의약품의 70%는 Chinese hamster ovary (CHO) 세포를 이용합니다. Glutamine synthetase (GS) / Methionine sulfoximine (MSX) 시스템은 CHO 세포에서 단백질 생산을 ...
    Date2018.01.29 By생명과학과 Views8536
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  7. 정지혜(시스템 및 합성생물학 연구실, 조병관 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 단감의 경우 실제로 수확 후, 2주 후부터 연화가(물러짐) 진행되어 1달이 지나면 대부분의 단감이 연화되어 먹을 수 없습니다. 이렇듯 단감이 상품성을 가질 수 있는 기간은 한정적 임에도 불구하고, 단감을 재...
    Date2018.01.08 By생명과학과 Views2949
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  8. 조유리(분자세포면역학 연구실, 강석조 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해주세요. 2011년 Ralph Steinman이 Dendritic cell의 발견을 한 공로로 노벨 생리의학상을 수상하였습니다. 그 만큼 Dendritic cell은 우리 면역 시스템에 굉장히 중요한 면역 세포입니다. Innate 와 adaptive immune sys...
    Date2018.01.03 By생명과학과 Views7245
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  9. 김희연 (생체분자공학 연구실, 김학성 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 생물의약품이 세포 내로 전달되어 약효를 나타내기 위해서는, 일반적으로 선택적인 투과성을 지닌 세포막을 잘 투과할 수 있도록 디자인 되어야 합니다. 이러한 점에서, 세포의 분열 및 성장에 관여하는 상피세...
    Date2017.12.29 By생명과학과 Views4667
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  10. 김종원 (생체분자공학 연구실, 김학성 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 현재 민감도와 특이성이 높은 표적 물질의 검출 및 분석법이 다양하게 개발되고 있습니다. 대개는 신호 발생 물질인 효소를 나노입자나 항체에 화학적 결합을 통해 이용하고 있으나, 화학적 결합 방법은 불안정...
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  11. 최정윤 (발생분화연구실, 한용만 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. CFC 증후군은 ERK 신호전달체계의 돌연변이에 의해 발생하는 희귀 유전 질환입니다. 비정상적인 뼈 발달은 대부분의 CFC 증후군 환자에서 나타나지만 ERK 신호전달체계의 이상과 골격계 관련 세포 분화의 연관...
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  12. 김나연(바이오이미징/광유전학 실험실, 허원도 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. Protein oligomerization is an important molecular mechanism in many biological processes that control numerous cellular events. We investigated the property of cryptochrome2 (CRY2) from Arabidops...
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  13. 유미란(신경회로망 연구실, 한진희 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 기억이 어떻게 형성 되어서, 어떻게 평생에 거쳐 저장되고 유지될 수 있을지를 밝히는 것은 매우 흥미로운 일입니다. 처음 획득한 기억이 안정화 되기 위해서는 기억에 중요한 여러 유전자의 발현이 필수적입니...
    Date2017.10.30 By생명과학과 Views4095
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  14. 전종철(진핵세포 전사 연구실, 김재훈 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. DNA 와 함께 크로마틴을 구성하고 있는 히스톤은 다양한 종류의 post-translational modification 에 의해 조절됩니다. 히스톤 H3 의 4 번째 lysine 잔기 (H3K4) methylation 은 대표적인 히스톤 modification ...
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  15. 천영서(크로마틴 생물학 연구실, 이대엽 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. Centromere의 특징 중 하나는 전형적인 histone H3 nucleosome 대신 centromere-specific histone H3 variant인 CENP-A nucleosome이 존재한다는 점입니다. 이러한 CENP-A nucleosome은 세포의 유사 분열 시기...
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  16. 이동윤(바이오나노의약 실험실, 전상용 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 황달 유발의 주요 물질이자 간 질환의 지표로 사용되어 온 빌리루빈은 다른 한편으로는 많은 염증 질환을 조절할 수 있는 체 내의 강력한 항산화제로 밝혀져 큰 주목을 받아 왔습니다. 본 실험실에서는 과거 이...
    Date2017.10.24 By생명과학과 Views4183
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  17. 윤정민(에피제네틱스 구조생물학 실험실, 송지준 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 우리 몸에 중요한 유전정보를 담고 있는 DNA는 Histone octamer에 146 base pair가 감겨 있는 nucleosome이라는 기본단위로 이루어진 chromatin 형태로 보관이 되어집니다. DNA 복제 과정에서는 DNA가 복제가 ...
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  18. 경현호, 최윤주(생체분자공학 실험실, 김학성 교수)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 생명은 면역 체계라는 복잡한 방어 수단을 통해 자신을 보호합니다. 면역 체계의 핵심에는 ‘자신’과 ‘자신이 아닌 것’을 분자 단위에서 구분하는 대응 기제가 있습니다. 대조직적합성복합체(MHC; Major Histoco...
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  19. 김정진(행동 유전학 실험실, 김대수 교수)

     ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 우리 뇌 안에는 무수한 억제성 회로가 있지만, 그들의 정보 전달 방식에 대해서는 잘 밝혀져 있지 않습니다. 본 연구팀은 기저핵에서 나오는 억제성 신호들이 어떠한 방식으로 다양한 운동 신호를 처리하는가 ...
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  20. 이준우(크로마틴생물학 실험실, 이대엽 교수)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 본 논문은 제가 Nature Communications 에 개제하였던 연구 내용을 긍정적으로 평가한 <Transcription> 이라는 잡지사에서 제 논문에 관한 review 논문을 작성해 달라는 부탁을 보내와서, 제가 발표했던 연구 ...
    Date2017.09.25 By생명과학과 Views5289
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