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생명과학의 역사를 쓰는 사람들 Research Highlights

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인터뷰 이윤정
논문 Yoonjung Lee, Eojin Yoon, Saehyun Cho, Sigrun Schmähling, Jürg Müller, and Ji-Joon Song (2019) Structural Basis of MRG15-Mediated Activation of the ASH1L Histone Methyltransferase by Releasing an Autoinhibitory Loop. Structure, Published February 2019. https://doi.org/10.1016/j.str.2019.01.016
한줄요약 ASH1L-MRG15 복합체의 구조규명을 통해 MRG15에 의한 후성 유전 단백질 ASH1L의 활성 조절 기작 제시
이윤정.2.jpg

<그림. MRG15 binding to ASH1L releases the autoinhibitory loop, and activates ASH1L histone methyltransferase activity>


1. 배경지식

     DNA 히스톤 H2A, H2B, H3, H4 각각 쌍씩 8개로 결합해 이루어진 octamer 감겨, 크로마틴의 가장 기본 단위인

nucleosome 이룹니다. 히스톤 단백질의 N-말단 꼬리에는 methylation, acetylation, ubiquitination 다양한 종류의 변형이

일어나게 되고, 그에 따라 유전자 발현이 조절 되게 됩니다.  ASH1L Ash1 포유류 동족체 (mammalian homolog)로서,

히스톤 H3 K36 메틸 전이 효소 (Methyltransferase) 입니다. ASH1L 의해 생성된 H3K36me2 포유류와 초파리에서 유전자 전사를 촉진시킨다고 알려진 바가 있습니다. 2011년도에 ASH1L catalytic domain 구조 규명을 통해, ASH1L 기질 결합 포켓 (substrate binding pocket) 자동 억제 루프(Auto-inhibitory loop) 의해 가려짐에 따라, 제한적인 메틸 전이 효소 활성(Methyltransferase activity) 보인다는 것이 밝혀졌습니다 (An et al., 2011). 그리고, 발표된 연구결과에서 ASH1L MRG15 Caf1(p55) 복합체를 이룬다는 것이 알려졌고, MRG15 ASH1L 결합함에 따라 ASH1L 메틸 전이 효소 활성이 증가하는 것이 밝혀졌습니다 (Schhling et al., 2018, Huang et al., 2017). 이에 따라, MRG15 결합에 의해 ASH1L 활성이 촉진되는 자세한 기작을 알아보기 위해, 구조생화학적 접근으로 ASH1L-MRG15복합체에 대해 연구하게 되었습니다.


2. 질문

    MRG15 결합이 어떻게 후성 유전 단백질 ASH1L 활성을 촉진 시키는가?


3. 발견

    ASH1L-MRG15 복합체를 발현, 정제, 결정화 시켜 구조를 규명함에 따라서 ASH1L MRG15 서로 상호작용 하는 그림을 더 잘 이해할 있게 되었습니다. 우선, 규명된 구조가ASH1L MRG15 결합이 conserved FxLP motif 통해 이루어진다고 발표된 이전의 연구결과(Schhling et al., 2018) 상응하는 것을 확인했습니다. ASH1L 경우, motif 아미노산 F-Q-L-P 이루어져 있는데, 부분과 MRG15 C-말단에 존재하는 MRG domain 긴밀하게 상호작용하는 것을 관찰할 있었습니다. FQLP 중요성을 시험해 보기 위해, F (Phenylalanine) L (Leucine) 돌연변이 단백질로 각각 정제된 ASH1L 단백질과 wildtype MRG15 단백질의 Pull-down 실험을 진행한 결과, 돌연변이가 상호작용을 감소시키는 것으로 확증되었습니다. 뿐만 아니라, 외에 ASH1L MRG15 상호작용 하는 데에 주요역할을 것으로 보이는 아미노산을 (R265, R269 of MRG15) 추려서 똑같은 방법으로 실험을 진행하였고, 이들 역시 상호작용을 저해하는 것으로 확인되었습니다. 또한, 흥미로운 것은 얻게 종류의 구조에서 모두 ASH1L auto-inhibitory loop 존재하던 post-SET 도메인 부분이 상당히 disorder 되어있었다는 점입니다. 비록, 아쉽게도 resolution 제한으로 부분의 명확한 구조는 얻지 못했지만, MRG15 결합에 의해 auto-inhibitory loop 변화가 일어나며, 이로써 ASH1L 활성이 조절된다는 것으로 결론지을 있었습니다.


4. 후속

   앞서 언급했듯이, ASH1L 복합체를 이룬다고 알려진 단백질은 MRG15외에도 Caf1(p55) 있고, 복합체 내에서 p55 역할은 정확히 알려진 바가 아직 없기에, 이에 대한 후속 연구가 진행 중에 있습니다. 또한, 이번 논문에는 싣지 못했지만, 여러 실험을 통해서 nucleosome 달린 extra DNA 길이에 따라 ASH1L-MRG15 활성이 변하는 것을 관찰하였고, nucleosomal environment 차원의 ASH1L-MRG15활성을 위한 요건이 존재할 것으로 생각됩니다. 그리고, histone methyltransferase assay 실험을 통해서, ASH1L Chromodomain 포함한 full-length MRG15(a.a. 1-323) 복합체를 이루었을때, MRG domain(a.a.151-323) 포함한 MRG15보다 많은 활성을 보이는 것으로 관찰되었습니다. 이에 따라, ASH1L-MRG15복합체의 활성에 대한 MRG15 Chromodomain 역할이 무엇인지도 알아볼 있을 것으로 기대됩니다.


5. 소감

   2018 참석했던 학회에서 동일한 구조로 연구를 진행하고 있는 그룹에 대한 소식을 듣고, 그룹과 논의 , 예정보다 급하게 논문을 마무리 짓게 되었습니다. 그간 프로젝트에 대해 그리고 있던 그림이 바뀌고, 계획되어 있던 실험들이 갑자기 들이닥친 deadline 맞춰 없어지거나 뒤로 미뤄져야 하는 상황에 시점에 가지고 있던 데이터로 어떻게 의미 있는 스토리를 만들 있을까 고민하는 과정이 쉽지 않았습니다. 연구가 진행됨에 따라서, 기존에 있던 가설들이 바뀔 있고 이에 침착하게 대응하며 열린 마음으로 연구에 임해야 함을 배우게 되었습니다.


6. 기타

   물심양면으로 연구지도를 해주신 송지준 교수님, 그리고 많은 면에서 도움을 아끼지 않은 실험실 동료들에게 감사의 말씀을 드립니다.









  1. 신왕용 (시냅스뇌질환 연구실, 김은준 교수님)

     < NMDAR 활성을 통한 NGL-3 돌연변이 생쥐의 비정상적 행동과 전기생리학적 특징 회복 > 1. 배경지식 시냅스는 신경계의 가장 작으면서도 핵심적이고 기능적인 요소로 신경세포 간의 정보전달에 필수적인 구조입니다. 시냅스는 이온통로, 수용체, 접착 단백...
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  2. 김종원(생체분자공학 연구실, 김학성 교수님)

    <표적 특이적 유전자 전달 복합체의 구성 및 유전자 전달> 1. 배경지식 기존의 유전자 전달체는 바이러스성과 비바이러스성 전달체로 구분할 수 있습니다. 바이러스성 전달체는 높은 형질 발현율을 보이는 반면, 면역원성에 의한 안전성 문제를 갖고 있습니다...
    Date2018.05.14 By생명과학과 Views3803
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  3. 문경환(신경발생학 연구실, 김진우 교수님)

     <Nf2는 각 구획의 세포분열 속도를 조절하는 스위치> 1. 연구를 시작한 계기 : 신경섬유종증을 앓고 있는 환자 중 많은 수가 안과 관련 질환을 가지고 있습니다. 이번 연구는 신경섬유종증의 원인이 되는 Nf2 유전자 돌연변이가 어떤 기작으로 안과 질환을 ...
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  4. 허우성 (생체분자공학 연구실, 김학성 교수)

    1. 배경지식 빛을 이용한 세포의 다양한 신호전달 조절은 물리, 화학적 방법보다 비 침습적이고 빠르기 때문에 세포 기능 연구에 매우 효과적으로 활용될 수 있습니다. 그러나, 지금까지는 주로 자연에 존재하는 광 스위치 단백질에 의존하였기 때문에 많은 ...
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  5. 엄승민 (시냅스뇌질환 연구실, 김은준 교수님)

    <Three chamber test for social interaction> 1. 배경지식 뇌의 신경 세포망에서 시냅스는 없어서는 안 될 핵심 요소이자 신경 세포들 사이에서의 중요한 소통을 담당하고 있습니다. 이러한 시냅스는 수많은 유전자들로 구성 되어 있으며, 최근 다양한 정신...
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  6. 손유경(생체분자공학 연구실, 김학성 교수님)

    1. 배경지식 세포 내외의 신호 전달 체계를 조절하는 것은 세포 및 단백질의 기능을 이해하는 기초적인 연구 및 질병 치료제를 개발하는데 있어서 매우 중요한 부분을 차지하고 있습니다. 현재까지는 세포 내로 진입하는 방법에 어려움이 있기 때문에 기존의 ...
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  7. 김기정 (에피제네틱스 구조생물학 연구실, 송지준 교수님)

    <알데히드-알코올 탈수소효소의 구조 및 기능적 연구 > 1. 배경지식 박테리아에 널리 보존되어 있는 알데히드-알코올 탈수소효소(AdhE)는 발효과정에 관련된 효소이다. 알데히드-알코올 탈수소효소는 두 개의 도메인, 알데히드 탈수소효소와 알코올 탈수소효...
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  8. 김정진(행동 유전학 실험실, 김대수 교수)

     ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 우리 뇌 안에는 무수한 억제성 회로가 있지만, 그들의 정보 전달 방식에 대해서는 잘 밝혀져 있지 않습니다. 본 연구팀은 기저핵에서 나오는 억제성 신호들이 어떠한 방식으로 다양한 운동 신호를 처리하는가 ...
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  9. 정현진 (바이오이미징 및 광유전학 실험실, 허원도 교수님)

    <광활성 Flp을 개발, 마우스 머리에 LED를 비추어 유전자 발현을 조절함> 1. 배경지식 유전자 기능 연구를 수행하는데 있어 가장 일반적인 방법인 유전자 변형 실험모델을 만드는 것은 많은 시간, 비용, 노력 등이 소요됩니다. 연구를 수행하는데 있어 필요한...
    Date2019.01.24 By생명과학과 Views3592
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  10. 김나연(바이오이미징/광유전학 실험실, 허원도 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. Protein oligomerization is an important molecular mechanism in many biological processes that control numerous cellular events. We investigated the property of cryptochrome2 (CRY2) from Arabidops...
    Date2017.11.13 By생명과학과 Views3536
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  11. 신혜림 (세포신호전달 연구실, David Helfman 교수)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 암세포의 전이 및 산포는 세포 이동 및 세포 간 응집을 포함한 과정으로부터 비롯된 결과입니다. 이러한 과정은 세포 형태의 변화를 수반하며, 액틴 또는 이와 결합하는 다양한 단백질의 변이가 전이과정에서 ...
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  12. 최지헌 (신경발생학 연구실, 김진우 교수님)

    <그림. 망막 전구세포에서의 mTORC1 과활성이 세포주기 진행 및 신경세포 발생을 촉진하다.> 1. 배경지식 척추동물의 신경계는 발생과정에서 신경전구세포 (neural progenitor cell)가 분열(proliferation)을 반복하며 점차 신경세포와 교세포로 분화(differe...
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  13. 최원영(분자종양유전학 연구실, 임대식 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. Hippo pathway의 effector protein인 YAP과 TAZ의 활성이 직접적으로 위암을 일으킬 수 있다는 것을 동물(마우스)모델로 증명하고, 분자적으로는 YAP activation이 MYC을 upregulation 하는 기전을 통해 암이 발...
    Date2018.04.30 By생명과학과 Views3466
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  14. 서호규(크로마틴 연구실, 이대엽 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. Proteasome은 이름에서도 알 수 있듯이 수십 개의 단백질들로 구성되어 있는 복합체로서 세포 내 단백질들을 분해하는 기능으로 잘 알려져 있습니다. 체내 전체 단백질의 1%를 혼자 담당할 정도로 매우 많은 pr...
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    1. 배경지식 시냅스는 다양한 단백질의 집합체입니다. 시냅스의 정상발달을 위해서는 단백질들이 적재적소에 발현하여 단백질간의 적절한 상호작용이 있어야합니다. 시냅스 형성 초기에 이와 같은 중요한 역할을 하는 단백질에는 시냅스 접착 단백질이 존재합...
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    <효모 Set1 complex 의 H2B ubiquitylation 의존적 H3K4 methylation 기작> 1. 배경지식 핵산인 DNA와 단백질인 히스톤은 염색체의 기본 구성인자인 nucleosome을 이룹니다. DNA를 기반으로 하는 다양한 생명현상들 예컨데 DNA replication, DNA repair, DNA ...
    Date2018.10.24 By생명과학과 Views3327
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  17. 이윤정 (에피제네틱스 구조생물학 연구실, 송지준 교수님)

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     <생후 7~21일 동안 memantine을 투여한 경우 Shank2 결손 생쥐의 사회성이 개선된다.> 1. 배경지식 자폐증은 어린 나이에 발병되는 신경발달장애 중 하나로 전 세계적으로 약 1%의 유병률을 보이며 최근 점점 환자 수가 증가하고 있습니다. 그러나 현재까지...
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  19. 정영석 (시스템신경과학 연구실, 정민환 교수님)

    1. 배경지식 해마는 우리 뇌의 대뇌 피질 안쪽, 내측 측두엽에 위치하는 뇌 구조로 새로운 사실을 학습하고 기억하는 데에 중요한 뇌로 알려져 있습니다. 해마가 손상이 되면 새로운 정보를 기억하지 못하게 되는 데, 실제로 치매환자들의 해마가 정상인에 비...
    Date2018.07.04 By생명과학과 Views3216
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  20. 변현종(카이스트 부설 한국과학영재학교 미생물공학실, 안정훈 교수님) - 카이스트 생명과학과 학부생

     ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 타입 I 분비 시스템(T1SS) 중 “폴리펩타이드를 수송하는 ABC 수송체”들의 단백질 분비 특성에 관해 연구한 논문입니다. 우리는 Pseudomonas fluorescens 박테리아가 보유한 ABC 수송체인 “TliDEF계”를 모델 시...
    Date2018.02.05 By생명과학과 Views3212
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