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생명과학의 역사를 쓰는 사람들 Research Highlights

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인터뷰 정지혜
논문 Jihye Jung, Sang Chul Choi, Sunghee Jung, Byung-Kwan Cho, Gwang-Hwan Ahn, and Stephen B. Ryu (2017) A Transcriptome Approach Toward Understanding Fruit Softening in Persimmon. Front. Plant Sci. 12;8:1556. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28955353)
한줄요약 단감의 수확 후 연화(노화) 되는 과정을 전사체 변화 측면으로 살펴본 연구

인터뷰


1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요.

단감의 경우 실제로 수확 후, 2주 후부터 연화가(물러짐) 진행되어 1달이 지나면 대부분의 단감이 연화되어 먹을 수 없습니다. 이렇듯 단감이 상품성을 가질 수 있는 기간은 한정적 임에도 불구하고, 단감을 재배하고 있는 나라는 국한적입니다. 단감은 climacteric 과일로서 수확 후 급격히 증가하는 호흡량, 에틸렌 등에 의해서 연화가 진행 됩니다. 기존의 단감 연화를 방지하는 방법으로는 포장지 개발을 통해 단감의 호흡량을 조절하는 연구가 주를 이루었습니다. 하지만 최근에는, sequencing 기술이 발달함에 따라, 유전자분석 기반의 연구가 진행되고 있습니다.

본 연구는, 기존에 알려져 있지 않은 단감의 전사체 서열을, sequencing을 통해 reference 서열을 제작하는 de novo RNA sequencing 방법을 이용하여 단감이 연화되면서 변화되는 유전자 발현을 살펴본 논문입니다. 단감이 연화되면서 증가하는 유전자 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism 관련; DkUGD1, DkChiA3, DkB-Chi1) 및 감소하는 유전자 (Photosynthesis 관련; DkPsbP-1, DkCAB1, DkFNR1, DkPsaD-1, DkPsaG, DkPsbY, DkRBCS-1A, DkPRK1, DkFBA1, DkGAPA, DkGAPB)를 살펴본 논문이 되겠습니다. 특히, 에틸렌 관련 유전자 중 DkETR2, DkERS1 등은 이미 알려져 있었지만 본 연구를 통해, ERF25, EBF1, ETR3, ERF24 등의 새로운 에틸렌 관련 유전자들 또한 추가적으로 찾을 수 있었습니다. 비록 유전자 변화 연구 측면에서 본 논문을 마무리 하였지만, 추 후 밝혀진 유전자를 이용하여 engineering을 수행한다면 실질적으로 단감의 연화를 방지할 수 있는 좋은 연구주제가 될 것으로 기대됩니다.


2. 연구과정에서 있었던 에피소드를 소개해 주세요.

보통 “scientist”라고 하면 실험실에서 “lab coat”를 입고 연구를 수행하는 장면을 많이 상상합니다. 저도 대학원에 오기 전에는 그런 것을 많이 상상했습니다. 하지만 대부분의 실험은 연구실 안에서만 수행되는 것이 아닙니다. 식물연구의 경우 모델식물인 작은 애기장대에서부터 시작해 본 연구에서 사용한 큰 나무 인 단감까지 그 범위가 굉장히 넓기 때문에 field에서 실험을 수행하는 경우도 많습니다. 본 연구에 사용한 단감의 경우, 경남에 있는 단감 연구소에서 직접 단감을 수확하여 제가 쓸 재료를 선별하는 작업까지 진행을 하였습니다. 특히 단감을 수확하기 전 여름에 뜨거운 햇볕을 받으며 단감 연구소에 방문하고, 23일 동안 농장에서 일을 했던 기억이 납니다. 그때에는 힘들었지만, 지금 생각하면 좋은 추억으로 남아 있습니다.


3. 연구를 통해 얻은 지혜를 후배들에게 들려주세요.

본 연구를 끝까지 잘 수행할 수 있었던 이유는, 실제로 우리가 먹는 단감을 연구에 사용 함으로서 실생활에 가까운 연구를 한다는 생각이 들었고, 그로 인해서 즐겁게 연구를 수행했기 때문일 것입니다. 생명과학과 후배들에게 하고 싶은 말은 자기가 하고 있는 연구에서 즐거움을 찾는 것이 중요하다는 것입니다. 어떠한 연구든지 본인의 연구가 가장 중요하고 소중하고 또 그렇다고 말할 수 있는 사람이 되길 바랍니다. 그렇다면 본인의 연구에서 즐거움을 찾을 수 있을 것입니다.


4. 나는 왜 명과학자가 되었는가?

 학창시절, ‘줄기세포연구가 한참 인기를 끌면서 생명과학이 우리에게 주는 많은 혜택들을 접하게 되었고 매력을 느꼈습니다. 아직 학생이지만, 진정한 생명과학도가 되어 우리 삶에 의미 있는 연구를 수행하고자 하는 것이 제가 생명과학을 선택한 이유입니다.


5. 다른 하고 싶은 이야기

 논문이 나오기까지 신경 써주신 모든 분들께 감사 드립니다.

  1. 손유경(생체분자공학 연구실, 김학성 교수님)

    1. 배경지식 세포 내외의 신호 전달 체계를 조절하는 것은 세포 및 단백질의 기능을 이해하는 기초적인 연구 및 질병 치료제를 개발하는데 있어서 매우 중요한 부분을 차지하고 있습니다. 현재까지는 세포 내로 진입하는 방법에 어려움이 있기 때문...
    Date2018.05.21 By생명과학과 Views87
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  2. 현광범(진핵세포 전사 연구실, 김재훈 교수님)

    <Rad5의 DNA replication fork reversal 모델> 1. 배경지식 다양한 DNA lesion은 replication fork를 stall할 수 있습니다. 이러한 stalling은 genome의 instability 와 cell death를 일으킬 수 있기 때문에, stalled replica...
    Date2018.05.14 By생명과학과 Views198
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  3. 김종원(생체분자공학 연구실, 김학성 교수님)

    <표적 특이적 유전자 전달 복합체의 구성 및 유전자 전달> 1. 배경지식 기존의 유전자 전달체는 바이러스성과 비바이러스성 전달체로 구분할 수 있습니다. 바이러스성 전달체는 높은 형질 발현율을 보이는 반면, 면역...
    Date2018.05.14 By생명과학과 Views133
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  4. 노수민(동물세포공학 실험실, 이균민 교수님)

    <GS/MSX시스템을 이용해서 바이오의약품 생산세포주를 만드는 과정> 1. 배경지식 바이오 의약품 (치료용 단백질, 재조합 단백질)을 생산하고자 할 때, 간단한 모양을 가진 단백질은 미생물이나 효모에서도 생산이 가능하지만 복잡한 형태...
    Date2018.05.09 By생명과학과 Views251
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  5. 김태윤(생체분자공학 연구실, 김학성 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 현재 사용되고 있는 대부분의 질병 치료제들은 항체에 기반하고 있습니다. 그러나 이러한 항체 기반의 치료들은 제작이 어려우며 제조비용도 매우 높습니다. 그래서 이러한 항체들을 대신할...
    Date2018.05.09 By생명과학과 Views203
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  6. 김륜희(시냅스뇌질환 연구실, 김은준 교수님)

    1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 뇌가 정상적으로 기능하기 위해선 다양한 molecular process를 통해 neuronal synapse가 잘 발달 되어야 합니다. 특히나, presynapse와 postsynapse 사이의 adhesive contact은 매우 중요한 단계이며 이 ...
    Date2018.04.30 By생명과학과 Views366
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  7. 황순규(시스템 및 합성생물학 연구실, 조병관 교수님)

    그림. 트랜스포존 시퀀싱 기법을 이용한 pyruvate transporter 유전자 기능 규명 1. 배경지식 Pyruvate 은 생명체에서 탄소원으로부터 에너지를 얻는 과정인 Central carbon metabolism 에서 glycolysis ...
    Date2018.04.30 By생명과학과 Views272
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  8. 문경환(신경발생학 연구실, 김진우 교수님)

     <Nf2는 각 구획의 세포분열 속도를 조절하는 스위치> 1. 연구를 시작한 계기 : 신경섬유종증을 앓고 있는 환자 중 많은 수가 안과 관련 질환을 가지고 있습니다. 이번 연구는 신경섬유종증의 원인이 되는 Nf2 유전자 돌연변이가 어떤 기작으...
    Date2018.04.30 By생명과학과 Views221
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  9. 최원영(분자종양유전학 연구실, 임대식 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. Hippo pathway의 effector protein인 YAP과 TAZ의 활성이 직접적으로 위암을 일으킬 수 있다는 것을 동물(마우스)모델로 증명하고, 분자적으로는 YAP activation이 MYC을 upregulation 하는 기전...
    Date2018.04.30 By생명과학과 Views174
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  10. 김태묵(크로마틴 연구실, 이대엽 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. Next-Generation sequencing(NGS) 기술로 인해 최근 수년간 대규모의 Sequencing 데이터가 쌓여가고 있습니다. 많은 생물학을 연구하는 연구원들께서 이미 공개된 수많은 데이터를 ...
    Date2018.04.23 By생명과학과 Views256
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  11. 박세근, 정용철, 김대건(행동유전학 실험실, 김대수 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 사람과 동물은 생존을 위한 먹이나 유용한 자원을 획득하기 위해 호기심을 갖고 다양한 사물을 탐색한다. 동물이 유용한 자원 혹은 먹이를 확보하려는 것은 생존을 위한 강력한 욕구이다. 인...
    Date2018.03.19 By생명과학과 Views534
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  12. 서호규(크로마틴 연구실, 이대엽 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요 이 논문은 제 직전 논문의 후속 연구논문입니다. 이전 논문에서 Proteasome이 fission yeast centromere에서 heterochromatin spreading을 막는 새로운 기능이 있다는 것을 밝혔고,...
    Date2018.03.13 By생명과학과 Views558
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  13. 서호규(크로마틴 연구실, 이대엽 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. Proteasome은 이름에서도 알 수 있듯이 수십 개의 단백질들로 구성되어 있는 복합체로서 세포 내 단백질들을 분해하는 기능으로 잘 알려져 있습니다. 체내 전체 단백질의 1%를 혼...
    Date2018.03.13 By생명과학과 Views525
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  14. 정선혜(세포분열분화발생 실험실, 임대식 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. Non-Alcoholic Fatty Liver Disease (NAFLD, 비알콜성지방간)/ Non-Alcoholic Steatohepatitis (NASH, 비알콜성지방간염)은 이름 그대로 알코올섭취와 상관없이 생기...
    Date2018.03.05 By생명과학과 Views622
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  15. 이민지(바이오이미징/광유전학 실험실, 허원도 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 세포는 외부 환경으로부터 오는 변화를 수용체를 통해서 인식하고, 그 신호를 세포 내부로 전달하는데, 이를 통해서 세포 내에서 여러 기능들이 조절됩니다. 이러한 수용체 중 TGF-...
    Date2018.02.05 By생명과학과 Views910
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  16. 변현종(카이스트 부설 한국과학영재학교 미생물공학실, 안정훈 교수님) - 카이스트 생명과학과 학부생

     ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 타입 I 분비 시스템(T1SS) 중 “폴리펩타이드를 수송하는 ABC 수송체”들의 단백질 분비 특성에 관해 연구한 논문입니다. 우리는 Pseudomonas fluorescens 박테리아가 보유한 ABC 수...
    Date2018.02.05 By생명과학과 Views652
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  17. 송요셉(시스템 및 합성 생물학 연구실, 조병관 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 화석연료는 에너지 연료로만 사용되는 것이 아니고, 정유시 발생하는 석유화학제품도 제약, 섬유 산업 등 다양한 분야에서 활용되고 있습니다. 화석연료 고갈 문제 및 사...
    Date2018.02.05 By생명과학과 Views588
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  18. 신정환(시스템신경과학 연구실, 정민환 교수님)

      ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 기저핵은 신경계에서 대표적으로 강화학습과 수의적인 운동에 중요한 부위로 알려져 있습니다. 강화학습이란 예측한 기대치 (Expected value)와 ...
    Date2018.01.29 By생명과학과 Views679
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  19. 유다영(동물세포공학 연구실, 이균민 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 현재 mammalian 세포에서 생산되는 단백질 의약품의 70%는 Chinese hamster ovary (CHO) 세포를 이용합니다. Glutamine synthetase (GS) / Methionine sulfoximine (MSX) 시스템은 CH...
    Date2018.01.29 By생명과학과 Views623
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  20. 정지혜(시스템 및 합성생물학 연구실, 조병관 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 단감의 경우 실제로 수확 후, 2주 후부터 연화가(물러짐) 진행되어 1달이 지나면 대부분의 단감이 연화되어 먹을 수 없습니다. 이렇듯 단감이 상품성을 가질 수 있는 기간은 한정적 ...
    Date2018.01.08 By생명과학과 Views704
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