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생명과학의 역사를 쓰는 사람들 Research Highlights

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인터뷰 김기정
논문 Gijeong Kim, Liyana Azmi, Seongmin Jang, Taeyang Jung, Hans Hebert, Andrew J. Roe, Olwyn Byron & Ji-Joon Song (2019) Aldehyde-alcohol dehydrogenase forms a high-order spirosome architecture critical for its activity. Nature Communications, volume 10(1), 4527. doi:10.1038/s41467-019-12427-8
한줄요약 초저온전자현미경을 이용한 알데히드-알코올 탈수소효소의 구조 규명 및 기능적 이해
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<알데히드-알코올 탈수소효소의 구조 기능적 연구 >


1. 배경지식

박테리아에 널리 보존되어 있는 알데히드-알코올 탈수소효소(AdhE) 발효과정에 관련된 효소이다. 알데히드-알코올 탈수소효소는 개의 도메인, 알데히드 탈수소효소와 알코올 탈수소효소로 구성되어 있고, 최초 기질인 아세틸조효소A (acetyl-CoA) 도메인에 의해 아세탈알데히드를 거쳐 에탄올로 바뀐다. 뿐만 아니라 알데히드-알코올 탈수소효소는 병원성 대장균의 독성이나 바이오연료 산업에서 에탄올 수율과 밀접한 관련이 있기 때문에 응용가능성을 주목받아왔다. 그럼에도 불구하고 알데히드-알코올 탈수소효소는 나선형의 다량체(spirosome) 만들기 때문에 구조와 기능을 이해하는 한계가 있었다.


2. 질문

알데히드-알코올 탈수소효소가 만드는 다량체는 어떤 모습일까? 다량체의 형성은 알데히드-알코올 탈수소효소의 기능에 어떤 역할을 할까?


3. 발견

알데히드-알코올 탈수소효소의 구조 생화학적 연구를 통해 연구팀은 효소의 다량체 형성 원리와 다량체가 갖는 생물학적 함의에 대해 이해할 있었다. 첫째로 연구는 초저온전자현미경을 사용하여 최초로 알데히드-알코올 탈수소효소의 원자 수준의 해상도 구조를 규명하였다. 규명한 구조로부터 알데히드-알코올 탈수소효소가 어떤 방식으로 다량체를 형성하는 있었을 뿐만 아니라 알데히드 탈수소효소와 알코올 탈수소효소의 활성 자리가 각각 나선형 다량체의 밖과 안쪽에 위치하는 것을 확인하였다. 이러한 배치를 가짐으로써 전체 반응은 다량체 밖에서 안으로 진행될 것이며, 개의 연속된 반응이 끝까지 완료될 있도록 것이라 예측된다. 특히 중간산물인 아세탈알데히드는 확산이 용이하며 독성을 가지고 있는데 세포내로 확산되는 것을 방지함으로써 알데히드-알코올 탈수소효소는 안전한 방식으로 기질을 처리할 있어 보인다. 둘째로 연구팀은 다량체의 구조를 갖는 것이 알데히드-알코올 탈수소효소의 작용에 중요하다는 것을 밝혔다. 탈수소효소에는 이온과 NAD+ 같은 보조인자가 활성에 필요한데 이러한 보조인자를 처리하였을 알데히드-알코올 탈수소효소의 다량체 구조가 변하는 것을 확인하였다. 앞서 확인한 것과 같이 위치적으로 분리되어있는 활성 자리가 다량체의 구조변화를 통해 상호작용을 있을 것이라 예상된다. 돌연변이를 도입하여 알데히드-알코올 탈수소효소의 다량체 형성을 억제하면 어떻게 될까? 연구팀은 구조를 기반으로 하나의 아미노산 변화만으로도 알데히드-알코올 탈수소효소 돌연변이가 다량체를 형성하지 않는 것을 확인하였고, 다량체를 형성하지 못함으로써 효소의 활성이 극적으로 감소하는 것을 보였다. 결론적으로 알데히드-알코올 탈수소효소는 나선형의 다량체를 형성함으로써 발효과정을 효과적으로 수행할 있게 한다는 것을 이번 연구를 통해 알게 되었다.


4. 후속

나선형의 알데히드-알코올 탈수소효소 다량체가 보조인자와 결합한 경우 구조 변화가 생기는 것을 확인하였다. 보조인자와 결합한 알데히드-알코올 탈수소효소의 구조를 밝힘으로써 효소 활성의 메커니즘을 이해할 있을 것이라 기대된다. 실제로 이를 위해 후속 연구를 진행하고 있으며 보조인자가 있을 때와 없을 때의 차이가 어떤지 확인한다면 더욱 의미있는 연구가 것이라 기대한다. 동시에 영국 글래스고 대학교와의 협업을 통해 다량체 형성을 저해하는 물질을 찾고, 병원성 대장균 치료제 개발을 위한 연구를 해보고자 한다.


5. 소감

알데히드-알코올 탈수소효소는 사실 저희 연구실에서 주요하게 다루는 단백질이 아니었습니다. 우연한 발견과 만남을 통해 논문을 성공적으로 마무리 있었습니다. 지원과 지도를 아끼지 않으신 송지준교수님, 글래스고 대학교 Andrew교수님, Olwyn교수님, 무엇보다도 함께 옆에서 고민해준 연구실 선후배님께 감사드립니다.


6. 기타

효소활성 측정을 위해 조병관교수님 연구실에서 많은 도움을 받았습니다. 특히 최동희, 김강산 선생님께 고맙다는 말씀을 자리를 빌어 전합니다.




  1. 정지혜(시스템 및 합성생물학 연구실, 조병관 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 단감의 경우 실제로 수확 후, 2주 후부터 연화가(물러짐) 진행되어 1달이 지나면 대부분의 단감이 연화되어 먹을 수 없습니다. 이렇듯 단감이 상품성을 가질 수 있는 기간은 한정적 임에도 불구하고, 단감을 재...
    Date2018.01.08 By생명과학과 Views2945
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  2. 유다영(동물세포공학 연구실, 이균민 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 현재 mammalian 세포에서 생산되는 단백질 의약품의 70%는 Chinese hamster ovary (CHO) 세포를 이용합니다. Glutamine synthetase (GS) / Methionine sulfoximine (MSX) 시스템은 CHO 세포에서 단백질 생산을 ...
    Date2018.01.29 By생명과학과 Views8522
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  3. 신정환(시스템신경과학 연구실, 정민환 교수님)

      ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 기저핵은 신경계에서 대표적으로 강화학습과 수의적인 운동에 중요한 부위로 알려져 있습니다. 강화학습이란 예측한 기대치 (Expected value)와 실제 결과 (Outcome)의 차이 (Reward prediction err...
    Date2018.01.29 By생명과학과 Views5910
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  4. 송요셉(시스템 및 합성 생물학 연구실, 조병관 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 화석연료는 에너지 연료로만 사용되는 것이 아니고, 정유시 발생하는 석유화학제품도 제약, 섬유 산업 등 다양한 분야에서 활용되고 있습니다. 화석연료 고갈 문제 및 사용시 발생하는 환경문제를 해결하기 ...
    Date2018.02.05 By생명과학과 Views3109
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  5. 변현종(카이스트 부설 한국과학영재학교 미생물공학실, 안정훈 교수님) - 카이스트 생명과학과 학부생

     ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 타입 I 분비 시스템(T1SS) 중 “폴리펩타이드를 수송하는 ABC 수송체”들의 단백질 분비 특성에 관해 연구한 논문입니다. 우리는 Pseudomonas fluorescens 박테리아가 보유한 ABC 수송체인 “TliDEF계”를 모델 시...
    Date2018.02.05 By생명과학과 Views3200
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  6. 이민지(바이오이미징/광유전학 실험실, 허원도 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 세포는 외부 환경으로부터 오는 변화를 수용체를 통해서 인식하고, 그 신호를 세포 내부로 전달하는데, 이를 통해서 세포 내에서 여러 기능들이 조절됩니다. 이러한 수용체 중 TGF-β receptor는 TGF-β와 결합하...
    Date2018.02.05 By생명과학과 Views4045
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  7. 정선혜(세포분열분화발생 실험실, 임대식 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. Non-Alcoholic Fatty Liver Disease (NAFLD, 비알콜성지방간)/ Non-Alcoholic Steatohepatitis (NASH, 비알콜성지방간염)은 이름 그대로 알코올섭취와 상관없이 생기는 지방간 또는 지방간염으로서, 비만인구 ...
    Date2018.03.05 By생명과학과 Views8106
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  8. 서호규(크로마틴 연구실, 이대엽 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. Proteasome은 이름에서도 알 수 있듯이 수십 개의 단백질들로 구성되어 있는 복합체로서 세포 내 단백질들을 분해하는 기능으로 잘 알려져 있습니다. 체내 전체 단백질의 1%를 혼자 담당할 정도로 매우 많은 pr...
    Date2018.03.13 By생명과학과 Views3390
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  9. 서호규(크로마틴 연구실, 이대엽 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요 이 논문은 제 직전 논문의 후속 연구논문입니다. 이전 논문에서 Proteasome이 fission yeast centromere에서 heterochromatin spreading을 막는 새로운 기능이 있다는 것을 밝혔고, 이번 논문에서는 이러한 prot...
    Date2018.03.13 By생명과학과 Views3113
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  10. 박세근, 정용철, 김대건(행동유전학 실험실, 김대수 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 사람과 동물은 생존을 위한 먹이나 유용한 자원을 획득하기 위해 호기심을 갖고 다양한 사물을 탐색한다. 동물이 유용한 자원 혹은 먹이를 확보하려는 것은 생존을 위한 강력한 욕구이다. 인간은 이러한 욕구를 ...
    Date2018.03.19 By생명과학과 Views4800
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  11. 김태묵(크로마틴 연구실, 이대엽 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. Next-Generation sequencing(NGS) 기술로 인해 최근 수년간 대규모의 Sequencing 데이터가 쌓여가고 있습니다. 많은 생물학을 연구하는 연구원들께서 이미 공개된 수많은 데이터를 이용하여 연구하고자 하는 목...
    Date2018.04.23 By생명과학과 Views4683
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  12. 최원영(분자종양유전학 연구실, 임대식 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. Hippo pathway의 effector protein인 YAP과 TAZ의 활성이 직접적으로 위암을 일으킬 수 있다는 것을 동물(마우스)모델로 증명하고, 분자적으로는 YAP activation이 MYC을 upregulation 하는 기전을 통해 암이 발...
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  13. 문경환(신경발생학 연구실, 김진우 교수님)

     <Nf2는 각 구획의 세포분열 속도를 조절하는 스위치> 1. 연구를 시작한 계기 : 신경섬유종증을 앓고 있는 환자 중 많은 수가 안과 관련 질환을 가지고 있습니다. 이번 연구는 신경섬유종증의 원인이 되는 Nf2 유전자 돌연변이가 어떤 기작으로 안과 질환을 ...
    Date2018.04.30 By생명과학과 Views3789
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  14. 황순규(시스템 및 합성생물학 연구실, 조병관 교수님)

    그림. 트랜스포존 시퀀싱 기법을 이용한 pyruvate transporter 유전자 기능 규명 1. 배경지식 Pyruvate 은 생명체에서 탄소원으로부터 에너지를 얻는 과정인 Central carbon metabolism 에서 glycolysis 와 TCA cycle 의 중간 단계 물질로, 다양한 세포 내 대...
    Date2018.04.30 By생명과학과 Views5648
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  15. 김륜희(시냅스뇌질환 연구실, 김은준 교수님)

    1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 뇌가 정상적으로 기능하기 위해선 다양한 molecular process를 통해 neuronal synapse가 잘 발달 되어야 합니다. 특히나, presynapse와 postsynapse 사이의 adhesive contact은 매우 중요한 단계이며 이 과정에 시냅스 ...
    Date2018.04.30 By생명과학과 Views4412
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  16. 김태윤(생체분자공학 연구실, 김학성 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 현재 사용되고 있는 대부분의 질병 치료제들은 항체에 기반하고 있습니다. 그러나 이러한 항체 기반의 치료들은 제작이 어려우며 제조비용도 매우 높습니다. 그래서 이러한 항체들을 대신할 단백질 기반의 치...
    Date2018.05.09 By생명과학과 Views5877
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  17. 노수민(동물세포공학 실험실, 이균민 교수님)

    <GS/MSX시스템을 이용해서 바이오의약품 생산세포주를 만드는 과정> 1. 배경지식 바이오 의약품 (치료용 단백질, 재조합 단백질)을 생산하고자 할 때, 간단한 모양을 가진 단백질은 미생물이나 효모에서도 생산이 가능하지만 복잡한 형태의 단백질 의약품은 ...
    Date2018.05.09 By생명과학과 Views13572
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  18. 김종원(생체분자공학 연구실, 김학성 교수님)

    <표적 특이적 유전자 전달 복합체의 구성 및 유전자 전달> 1. 배경지식 기존의 유전자 전달체는 바이러스성과 비바이러스성 전달체로 구분할 수 있습니다. 바이러스성 전달체는 높은 형질 발현율을 보이는 반면, 면역원성에 의한 안전성 문제를 갖고 있습니다...
    Date2018.05.14 By생명과학과 Views3798
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  19. 현광범(진핵세포 전사 연구실, 김재훈 교수님)

    <Rad5의 DNA replication fork reversal 모델> 1. 배경지식 다양한 DNA lesion은 replication fork를 stall할 수 있습니다. 이러한 stalling은 genome의 instability 와 cell death를 일으킬 수 있기 때문에, stalled replication forks를 reactivation하는 ...
    Date2018.05.14 By생명과학과 Views5220
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  20. 손유경(생체분자공학 연구실, 김학성 교수님)

    1. 배경지식 세포 내외의 신호 전달 체계를 조절하는 것은 세포 및 단백질의 기능을 이해하는 기초적인 연구 및 질병 치료제를 개발하는데 있어서 매우 중요한 부분을 차지하고 있습니다. 현재까지는 세포 내로 진입하는 방법에 어려움이 있기 때문에 기존의 ...
    Date2018.05.21 By생명과학과 Views3757
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