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생명과학의 역사를 쓰는 사람들 Research Highlights

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인터뷰 정지혜
논문 Jihye Jung, Sang Chul Choi, Sunghee Jung, Byung-Kwan Cho, Gwang-Hwan Ahn, and Stephen B. Ryu (2017) A Transcriptome Approach Toward Understanding Fruit Softening in Persimmon. Front. Plant Sci. 12;8:1556. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28955353)
한줄요약 단감의 수확 후 연화(노화) 되는 과정을 전사체 변화 측면으로 살펴본 연구

인터뷰


1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요.

단감의 경우 실제로 수확 후, 2주 후부터 연화가(물러짐) 진행되어 1달이 지나면 대부분의 단감이 연화되어 먹을 수 없습니다. 이렇듯 단감이 상품성을 가질 수 있는 기간은 한정적 임에도 불구하고, 단감을 재배하고 있는 나라는 국한적입니다. 단감은 climacteric 과일로서 수확 후 급격히 증가하는 호흡량, 에틸렌 등에 의해서 연화가 진행 됩니다. 기존의 단감 연화를 방지하는 방법으로는 포장지 개발을 통해 단감의 호흡량을 조절하는 연구가 주를 이루었습니다. 하지만 최근에는, sequencing 기술이 발달함에 따라, 유전자분석 기반의 연구가 진행되고 있습니다.

본 연구는, 기존에 알려져 있지 않은 단감의 전사체 서열을, sequencing을 통해 reference 서열을 제작하는 de novo RNA sequencing 방법을 이용하여 단감이 연화되면서 변화되는 유전자 발현을 살펴본 논문입니다. 단감이 연화되면서 증가하는 유전자 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism 관련; DkUGD1, DkChiA3, DkB-Chi1) 및 감소하는 유전자 (Photosynthesis 관련; DkPsbP-1, DkCAB1, DkFNR1, DkPsaD-1, DkPsaG, DkPsbY, DkRBCS-1A, DkPRK1, DkFBA1, DkGAPA, DkGAPB)를 살펴본 논문이 되겠습니다. 특히, 에틸렌 관련 유전자 중 DkETR2, DkERS1 등은 이미 알려져 있었지만 본 연구를 통해, ERF25, EBF1, ETR3, ERF24 등의 새로운 에틸렌 관련 유전자들 또한 추가적으로 찾을 수 있었습니다. 비록 유전자 변화 연구 측면에서 본 논문을 마무리 하였지만, 추 후 밝혀진 유전자를 이용하여 engineering을 수행한다면 실질적으로 단감의 연화를 방지할 수 있는 좋은 연구주제가 될 것으로 기대됩니다.


2. 연구과정에서 있었던 에피소드를 소개해 주세요.

보통 “scientist”라고 하면 실험실에서 “lab coat”를 입고 연구를 수행하는 장면을 많이 상상합니다. 저도 대학원에 오기 전에는 그런 것을 많이 상상했습니다. 하지만 대부분의 실험은 연구실 안에서만 수행되는 것이 아닙니다. 식물연구의 경우 모델식물인 작은 애기장대에서부터 시작해 본 연구에서 사용한 큰 나무 인 단감까지 그 범위가 굉장히 넓기 때문에 field에서 실험을 수행하는 경우도 많습니다. 본 연구에 사용한 단감의 경우, 경남에 있는 단감 연구소에서 직접 단감을 수확하여 제가 쓸 재료를 선별하는 작업까지 진행을 하였습니다. 특히 단감을 수확하기 전 여름에 뜨거운 햇볕을 받으며 단감 연구소에 방문하고, 23일 동안 농장에서 일을 했던 기억이 납니다. 그때에는 힘들었지만, 지금 생각하면 좋은 추억으로 남아 있습니다.


3. 연구를 통해 얻은 지혜를 후배들에게 들려주세요.

본 연구를 끝까지 잘 수행할 수 있었던 이유는, 실제로 우리가 먹는 단감을 연구에 사용 함으로서 실생활에 가까운 연구를 한다는 생각이 들었고, 그로 인해서 즐겁게 연구를 수행했기 때문일 것입니다. 생명과학과 후배들에게 하고 싶은 말은 자기가 하고 있는 연구에서 즐거움을 찾는 것이 중요하다는 것입니다. 어떠한 연구든지 본인의 연구가 가장 중요하고 소중하고 또 그렇다고 말할 수 있는 사람이 되길 바랍니다. 그렇다면 본인의 연구에서 즐거움을 찾을 수 있을 것입니다.


4. 나는 왜 명과학자가 되었는가?

 학창시절, ‘줄기세포연구가 한참 인기를 끌면서 생명과학이 우리에게 주는 많은 혜택들을 접하게 되었고 매력을 느꼈습니다. 아직 학생이지만, 진정한 생명과학도가 되어 우리 삶에 의미 있는 연구를 수행하고자 하는 것이 제가 생명과학을 선택한 이유입니다.


5. 다른 하고 싶은 이야기

 논문이 나오기까지 신경 써주신 모든 분들께 감사 드립니다.

  1. 정창욱, 하승민 (시냅스뇌질환 연구실, 김은준 교수님)

     <생후 7~21일 동안 memantine을 투여한 경우 Shank2 결손 생쥐의 사회성이 개선된다.> 1. 배경지식 자폐증은 어린 나이에 발병되는 신경발달장애 중 하나로 전 세계적으로 약 1%의 유병률을 보이며 최근 점점 환자 수가 증가하고 있습니다. 그러나 현재까지...
    Date2019.04.03 By생명과학과 Views3265
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  2. 장성민 (에피제네틱스 구조생물학 연구실, 송지준 교수님)

    < Cryo Electrom Microscopy (Cryo-EM) 으로 규명한 DOT1L – 유비퀴틴 뉴클레오좀 복합체 구조 > < 정상적인 뉴클레오좀 (파란색, 녹색)과 비교했을 때, DNA가 풀려 사라지고 히스톤 2차 구조가 손실되는 불안정화 현상이 관찰됨 (빨강) > 1. 배경지식 Histon...
    Date2019.04.19 By생명과학과 Views3954
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  3. 신왕용 (시냅스뇌질환 연구실, 김은준 교수님)

     < NMDAR 활성을 통한 NGL-3 돌연변이 생쥐의 비정상적 행동과 전기생리학적 특징 회복 > 1. 배경지식 시냅스는 신경계의 가장 작으면서도 핵심적이고 기능적인 요소로 신경세포 간의 정보전달에 필수적인 구조입니다. 시냅스는 이온통로, 수용체, 접착 단백...
    Date2019.06.11 By생명과학과 Views3844
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  4. 김기정 (에피제네틱스 구조생물학 연구실, 송지준 교수님)

    <알데히드-알코올 탈수소효소의 구조 및 기능적 연구 > 1. 배경지식 박테리아에 널리 보존되어 있는 알데히드-알코올 탈수소효소(AdhE)는 발효과정에 관련된 효소이다. 알데히드-알코올 탈수소효소는 두 개의 도메인, 알데히드 탈수소효소와 알코올 탈수소효...
    Date2019.10.21 By생명과학과 Views3667
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  5. 유다슬이 (바이오이미징 & 광유전학 연구실, 허원도 교수님)

    <그림 1> 항체조각과 Optobody 모식도 <그림 2> 광활성화된 항체에 의한 항원의 비활성 및 기능 억제 1. 배경지식 항체는 면역반응의 핵심 물질이며 질병 치료제로도 사용 중에 있습니다. 항체를 직접적인 질병 치료제로 사용하는 경우 항체 단백질을 정제하...
    Date2019.12.26 By생명과학과 Views2503
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  6. 서예지 (바이오이미징&광유전학 연구실, 허원도 교수님)

    <그림. 1> Graphical Abstract: 광유도 TrkB 수용체의 국소활성화를 통한 신경세포의 극성화 <그림. 2> 광유도 TrkB 수용체의 국소활성화에 의한 액틴파 형성 및 축삭 단백질의 축적 1. 배경지식 신경세포는 발달과정동안 여러 개의 미성숙 신경 돌기를 가지...
    Date2019.12.26 By생명과학과 Views2434
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  7. 김성수(바이오이미징&광유전학 연구실, 허원도 교수님)

    그림1. monSTIM1의 활성화 개념 그림설명(좌), 빛 세기에 대한 세포 내 칼슘 활성도(우) 그림2. 비침습적 광조사를 받고 있는 쥐 (좌), 빛 자극에 따른 칼슘 신호 마커, c-Fos발현 (우) <빛의 민감도를 증가시킨 monSTIM1의 활성화를 통한 비침습적 뇌세포 칼...
    Date2020.02.03 By생명과학과 Views2732
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  8. 김경덕 (시냅스 뇌질환 연구실, 김은준 교수님)

     <전시냅스 단백질PTPσ에 의한 NMDA 수용체 안정성 조절 > 1. 배경지식 시냅스는 3,000 개 이상 종류의 단백질이 적절한 위치에 적절한 양 만큼 위치해야 제대로 기능할 수 있는 대단히 복잡한 구조체입니다. 시냅스가 형성되기 위해서는 두 뉴런의 신경 ...
    Date2020.03.18 By생명과학과 Views2505
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  9. 송유향, 황양선 (감각처리연구실, 이승희 교수님)

     <소마토스타틴 (SST)의 작용 메커니즘을 나타낸 모식도 (좌)와 소마토스타틴 처리에 의한 시각 인지 능력 향상 효과(우)> 1. 배경지식 소마토스타틴은 시상 하부에서 뇌하수체 성장 호르몬의 분비를 억제하는 신경펩타이드로 처음 알려졌습니다. 이후 소마...
    Date2020.04.30 By생명과학과 Views2121
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  10. 박하람 (시냅스뇌질환 연구실, 김은준 교수님)

    1. 배경지식 시냅스는 다양한 단백질의 집합체입니다. 시냅스의 정상발달을 위해서는 단백질들이 적재적소에 발현하여 단백질간의 적절한 상호작용이 있어야합니다. 시냅스 형성 초기에 이와 같은 중요한 역할을 하는 단백질에는 시냅스 접착 단백질이 존재합...
    Date2020.04.30 By생명과학과 Views3332
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  11. 신왕용 (시냅스뇌질환 연구실, 김은준 교수님)

    <Grin2b 점돌연변이 생쥐의 비정상적 전기생리학적 특징과 특정시기의 NMDAR 활성을 통한 이상 회복> 1. 배경지식 소단위 단백질 GluN2B를 포함하고 있는 NMDA 수용체는 시냅스 장기 약화 (Long-term depression) 등 시냅스 가소성에 중요한 역할을 한다고 알...
    Date2020.05.29 By생명과학과 Views2505
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  12. 이진형, 김보람, 김병수, 황가영, 이유진 (신경내부인지 연구실, 서성배 교수님)

    1. 배경지식 초파리에서 GAL4-UAS system은 특정 부위에 특정 유전자를 발현시킬 수 있게 해 줍니다. GAL4는 yeast transcription activator protein이고 UAS는 GAL4가 특정적으로 붙는 enhancer인데 GAL4가 있으면 UAS를 enhancer로 가지는 유전자의 전사가 ...
    Date2020.12.29 By생명과학과 Views1355
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  13. 오양균 (NYU) (신경내부인지 연구실, 서성배 교수님)

    배경지식 동물들은 미각 이외에도 체내에 영양분을 인지할 수 있는 신경세포들을 가지고 있습니다. 이러한 영양분 인지 신경세포들은 대략 60 년 전에 전기생리학자들에 의해서 처음으로 발견되었습니다. 꽤 오래전에 발견 되었음에도 이들 신경세포들의 생물...
    Date2021.01.06 By생명과학과 Views1583
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  14. 김진은 (신경내부인지 연구실, 서성배 교수님)

    Date2021.01.07 By생명과학과 Views1987
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  15. 이준혁(신경교세포 연구실, 정원석 교수님)

    배경지식과 질문 성인 뇌는 기억형성이나 무언가를 인지할 때 시냅스를 만들고 없애는 과정을 끊임없이 반복합니다. 하지만 여전히 어떠한 기전에 의해서 시냅스가 없어지는지, 그리고 굳이 시냅스를 왜 제거하고 있는지는 잘 알려진 바가 없었습니다. 뇌의 ...
    Date2021.08.17 By생명과학과 Views2392
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  16. 김재현(감각처리 연구실, 이승희 교수님)

    배경 지식 인간을 포함한 모든 동물은 외부 환경에서 유입되는 다양한 감각 정보를 지각하여 상황에 맞는 행동을 수행합니다. 한 예로, 교통 신호등 앞에서 운전자가 붉은색 신호를 볼 경우 출발하지 않고 기다려야 하며, 푸른색 신호로 바뀔 경우 출발할 수 ...
    Date2021.08.24 By생명과학과 Views1683
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  17. 이승준_(분자신경생물학 연구소, 김은준 교수님 )

    1. 배경지식 자폐증(자폐 스펙트럼 장애, Autism spectrum disorders)은 뇌 발달장애의 한 종류로서, 세계 인구의 약 2%가 앓고 있습니다. 사회성 및 인지능력 저하가 주요 증상으로 꼽히지만 정확한 메커니즘은 알려지지 않았습니다. 이전에 저희 연구실에서...
    Date2021.09.01 By생명과학과 Views94552
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  18. 조혜림 (크로마틴 생물학 연구실, 이대엽 교수님)

    배경 지식 유전체는 단계적인 과정을 거쳐 특이적인 3차원 구조로 응축되어 있습니다. 최근 유전체가 지닌 3차원 구조의 기능적인 특징에 관한 연구 내용이 밝혀짐에 따라, 유전체의 3차원 구조가 어떻게 조절되고 조직화 되는지에 관한 연구가 활발히 이루어...
    Date2021.12.29 By생명과학과 Views3078
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  19. 박기현 (진핵세포전사 연구실, 김재훈 교수님)

    배경 지식 RNA 전사에 관련된 연구는 그동안 RNA polymerase가 주로 이동하는 방향이자 protein-coding 유전자 발현에 해당하는 sense 전사에 집중되어 있었습니다. 하지만 시퀀싱 기술의 발달로, 게놈의 상당 부분에서 반대 방향의 전사, 즉 antisense 전사...
    Date2022.05.02 By생명과학과 Views2042
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  20. 박준우 박사(신경발달 및 재생 연구실, 김진우 교수님)

    질문 한정된 공간인 세포핵 안에서 분해되지 않는 단백질을 세포는 어떻게 처리할까? 발견 세포핵에서 잘 분해되지 않는 전사인자 단백질인 OTX2가 세포핵 돌출 소막에 쌓여 세포질의 리소좀(lysosome)으로 이동하는 새로운 세포 내 단백질 이동 경로를 규명...
    Date2024.02.22 By생명과학과 Views27
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