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생명과학의 역사를 쓰는 사람들 Research Highlights

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인터뷰 정지혜
논문 Jihye Jung, Sang Chul Choi, Sunghee Jung, Byung-Kwan Cho, Gwang-Hwan Ahn, and Stephen B. Ryu (2017) A Transcriptome Approach Toward Understanding Fruit Softening in Persimmon. Front. Plant Sci. 12;8:1556. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28955353)
한줄요약 단감의 수확 후 연화(노화) 되는 과정을 전사체 변화 측면으로 살펴본 연구

인터뷰


1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요.

단감의 경우 실제로 수확 후, 2주 후부터 연화가(물러짐) 진행되어 1달이 지나면 대부분의 단감이 연화되어 먹을 수 없습니다. 이렇듯 단감이 상품성을 가질 수 있는 기간은 한정적 임에도 불구하고, 단감을 재배하고 있는 나라는 국한적입니다. 단감은 climacteric 과일로서 수확 후 급격히 증가하는 호흡량, 에틸렌 등에 의해서 연화가 진행 됩니다. 기존의 단감 연화를 방지하는 방법으로는 포장지 개발을 통해 단감의 호흡량을 조절하는 연구가 주를 이루었습니다. 하지만 최근에는, sequencing 기술이 발달함에 따라, 유전자분석 기반의 연구가 진행되고 있습니다.

본 연구는, 기존에 알려져 있지 않은 단감의 전사체 서열을, sequencing을 통해 reference 서열을 제작하는 de novo RNA sequencing 방법을 이용하여 단감이 연화되면서 변화되는 유전자 발현을 살펴본 논문입니다. 단감이 연화되면서 증가하는 유전자 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism 관련; DkUGD1, DkChiA3, DkB-Chi1) 및 감소하는 유전자 (Photosynthesis 관련; DkPsbP-1, DkCAB1, DkFNR1, DkPsaD-1, DkPsaG, DkPsbY, DkRBCS-1A, DkPRK1, DkFBA1, DkGAPA, DkGAPB)를 살펴본 논문이 되겠습니다. 특히, 에틸렌 관련 유전자 중 DkETR2, DkERS1 등은 이미 알려져 있었지만 본 연구를 통해, ERF25, EBF1, ETR3, ERF24 등의 새로운 에틸렌 관련 유전자들 또한 추가적으로 찾을 수 있었습니다. 비록 유전자 변화 연구 측면에서 본 논문을 마무리 하였지만, 추 후 밝혀진 유전자를 이용하여 engineering을 수행한다면 실질적으로 단감의 연화를 방지할 수 있는 좋은 연구주제가 될 것으로 기대됩니다.


2. 연구과정에서 있었던 에피소드를 소개해 주세요.

보통 “scientist”라고 하면 실험실에서 “lab coat”를 입고 연구를 수행하는 장면을 많이 상상합니다. 저도 대학원에 오기 전에는 그런 것을 많이 상상했습니다. 하지만 대부분의 실험은 연구실 안에서만 수행되는 것이 아닙니다. 식물연구의 경우 모델식물인 작은 애기장대에서부터 시작해 본 연구에서 사용한 큰 나무 인 단감까지 그 범위가 굉장히 넓기 때문에 field에서 실험을 수행하는 경우도 많습니다. 본 연구에 사용한 단감의 경우, 경남에 있는 단감 연구소에서 직접 단감을 수확하여 제가 쓸 재료를 선별하는 작업까지 진행을 하였습니다. 특히 단감을 수확하기 전 여름에 뜨거운 햇볕을 받으며 단감 연구소에 방문하고, 23일 동안 농장에서 일을 했던 기억이 납니다. 그때에는 힘들었지만, 지금 생각하면 좋은 추억으로 남아 있습니다.


3. 연구를 통해 얻은 지혜를 후배들에게 들려주세요.

본 연구를 끝까지 잘 수행할 수 있었던 이유는, 실제로 우리가 먹는 단감을 연구에 사용 함으로서 실생활에 가까운 연구를 한다는 생각이 들었고, 그로 인해서 즐겁게 연구를 수행했기 때문일 것입니다. 생명과학과 후배들에게 하고 싶은 말은 자기가 하고 있는 연구에서 즐거움을 찾는 것이 중요하다는 것입니다. 어떠한 연구든지 본인의 연구가 가장 중요하고 소중하고 또 그렇다고 말할 수 있는 사람이 되길 바랍니다. 그렇다면 본인의 연구에서 즐거움을 찾을 수 있을 것입니다.


4. 나는 왜 명과학자가 되었는가?

 학창시절, ‘줄기세포연구가 한참 인기를 끌면서 생명과학이 우리에게 주는 많은 혜택들을 접하게 되었고 매력을 느꼈습니다. 아직 학생이지만, 진정한 생명과학도가 되어 우리 삶에 의미 있는 연구를 수행하고자 하는 것이 제가 생명과학을 선택한 이유입니다.


5. 다른 하고 싶은 이야기

 논문이 나오기까지 신경 써주신 모든 분들께 감사 드립니다.

  1. Afia Tasnim Rahman (바이오나노의약 실험실, 전상용 교수님)

    질문 염증성 장 질환을 효과적으로 치료할 수 있는 경구용 약물 개발 필요 체내 유래 항산화 물질인 빌리루빈의 장내 흡수가 용이한 물질로의 개발 가능성 발견 활성 산소종에 대한 제거 효과가 탁월하다고 알려진 빌리루빈과 점막 부착성과 생적합성을 동시...
    Date2024.02.26 By생명과학과 Views56
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  2. 강문영 (생태학 연구실, 김상규 교수님)

    Question • 담배꽃이 만들어내는 향기물질인 benzylacetone(BA)은 어떤 유전자들에 의해 만들어지는 걸까? Results • ScRNAseq 을 통해 cell cluster 를 분류한 뒤, epidermal cell 에서 BA 전구체인 Phenylalanine 합성 유전자들의 발현이 높음 확...
    Date2024.02.27 By생명과학과 Views219
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  3. 경현호, 최윤주(생체분자공학 실험실, 김학성 교수)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 생명은 면역 체계라는 복잡한 방어 수단을 통해 자신을 보호합니다. 면역 체계의 핵심에는 ‘자신’과 ‘자신이 아닌 것’을 분자 단위에서 구분하는 대응 기제가 있습니다. 대조직적합성복합체(MHC; Major Histoco...
    Date2017.10.13 By생명과학과 Views5868
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  4. 곽미정 (구조생명과학 연구실, 오병하 교수)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 본 논문은 폐렴을 일으키는 레지오넬라 뉴모필라 균의 독성단백질 분비 기작에서 중요한 역할을 하는 Type IV coupling protein complex(T4CP)의 전체 모델 구조를 규명한 논문입니다 (아래그림). 레지오넬라균...
    Date2017.08.21 By생명과학과 Views6316
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  5. 구보민 (분자종양유전학 연구실, 임대식 교수님)

    질문 췌장암 발병 시 PRMT1의 역할과 그 기전이 무엇일까? PRMT1이 새로운 췌장암 환자 치료제 타깃이 될 수 있을까? 발견 췌장암 환자 및 마우스 모델에서 PRMT1이 나쁜 예후 인자(poor prognostic factor)로 작용한다. PRMT1은 췌장암 세포에서 염색질 접근...
    Date2024.02.26 By생명과학과 Views85
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  6. 권도형 (분자세포면역학 연구실, 강석조 교수)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 일반적으로 세포의 DNA는 핵내에만 존재합니다. 만약 사이토졸 내에서 DNA센서가 DNA를 인식한다면, 세포는 외부 병원균의 DNA로 인식하여 제1형 인터페론을 생성하는 면역반응을 유도합니다. 우리 세포는 사이...
    Date2017.08.21 By생명과학과 Views4394
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  7. 권도형 (분자세포면역학 연구실, 강석조 교수)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 미토콘드리아는 에너지 생산뿐만 아니라, 칼슘의 저장소, Apoptosis, lipid 합성등 다양한 기능을 수행하는 세포소기관으로, 에너지 상태 외에도 다양한 ion의 흐름, 외부 신호, 미토콘드리아의 역동성(dynamic...
    Date2017.09.20 By생명과학과 Views9443
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  8. 김경덕 (시냅스 뇌질환 연구실, 김은준 교수님)

     <전시냅스 단백질PTPσ에 의한 NMDA 수용체 안정성 조절 > 1. 배경지식 시냅스는 3,000 개 이상 종류의 단백질이 적절한 위치에 적절한 양 만큼 위치해야 제대로 기능할 수 있는 대단히 복잡한 구조체입니다. 시냅스가 형성되기 위해서는 두 뉴런의 신경 ...
    Date2020.03.18 By생명과학과 Views2505
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  9. 김규광 (기능유전체 및 계산생물학 연구실, 정인경 교수님)

    <질문> 기존의 점돌연변이나 유전체 변이만으로는 설명이 어려운 암 유전체를 3차원 게놈 구조 관점에서 재 해독할 수 있을까? <발견> 암에서는 다양한 종류의 변이가 발생하며 암 특이적 3차원 게놈 구조 변화 또한 발생한다. 이로 인해 유전자가 잘못된 전...
    Date2024.02.26 By생명과학과 Views32
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  10. 김기정 (에피제네틱스 구조생물학 연구실, 송지준 교수님)

    <알데히드-알코올 탈수소효소의 구조 및 기능적 연구 > 1. 배경지식 박테리아에 널리 보존되어 있는 알데히드-알코올 탈수소효소(AdhE)는 발효과정에 관련된 효소이다. 알데히드-알코올 탈수소효소는 두 개의 도메인, 알데히드 탈수소효소와 알코올 탈수소효...
    Date2019.10.21 By생명과학과 Views3667
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  11. 김나연(바이오이미징/광유전학 실험실, 허원도 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. Protein oligomerization is an important molecular mechanism in many biological processes that control numerous cellular events. We investigated the property of cryptochrome2 (CRY2) from Arabidops...
    Date2017.11.13 By생명과학과 Views3536
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  12. 김륜희(시냅스뇌질환 연구실, 김은준 교수님)

    1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 뇌가 정상적으로 기능하기 위해선 다양한 molecular process를 통해 neuronal synapse가 잘 발달 되어야 합니다. 특히나, presynapse와 postsynapse 사이의 adhesive contact은 매우 중요한 단계이며 이 과정에 시냅스 ...
    Date2018.04.30 By생명과학과 Views4420
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  13. 김성수(바이오이미징&광유전학 연구실, 허원도 교수님)

    그림1. monSTIM1의 활성화 개념 그림설명(좌), 빛 세기에 대한 세포 내 칼슘 활성도(우) 그림2. 비침습적 광조사를 받고 있는 쥐 (좌), 빛 자극에 따른 칼슘 신호 마커, c-Fos발현 (우) <빛의 민감도를 증가시킨 monSTIM1의 활성화를 통한 비침습적 뇌세포 칼...
    Date2020.02.03 By생명과학과 Views2732
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  14. 김수현 (동물세포공학 연구실, 이균민 교수님)

    질문: CHO 세포의 모든 유전자를 확인하여 항체의약품 생산성 향상을 위한 유전자를 찾을 수 있을까? 발견: 1. ATF7IP 및 SETDB1 유전자 발견 (후성유전 조절 관련) 2. Knock-out validation 결과 → 이중항체 생산성 2.7-fold 향상 → 단일항체 생산...
    Date2024.02.22 By생명과학과 Views61
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  15. 김은아, 함석진 (RNAging Lab, 이승재 교수님 연구실)

    질문 미토콘드리아 Krebs cycle 부산물이 개체 수준의 면역에 어떤 영향을 미칠까? 발견 미토콘드리아의 Krebs cycle 효소 중 하나인 ACO-2의 knockdown이 예쁜꼬마선충에서 UPRmt을 활성화 하여 개체수준에서 선천적 면역을 강화 시킴을 발견함. ACO-2의 억...
    Date2024.02.22 By생명과학과 Views53
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  16. 김재현(감각처리 연구실, 이승희 교수님)

    배경 지식 인간을 포함한 모든 동물은 외부 환경에서 유입되는 다양한 감각 정보를 지각하여 상황에 맞는 행동을 수행합니다. 한 예로, 교통 신호등 앞에서 운전자가 붉은색 신호를 볼 경우 출발하지 않고 기다려야 하며, 푸른색 신호로 바뀔 경우 출발할 수 ...
    Date2021.08.24 By생명과학과 Views1683
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  17. 김재호 박사 (생체방어 연구실, 이흥규 교수님)

    질문 고 포도당 음료 보충을 통해 뇌종양의 성장이 억제되는가? 억제 되면 기전은 무엇인가? 발견 • 교모세포종 실험 쥐 모델에서 고 포도당 음료 보충을 통해 뇌종양의 성장이 억제되는 현상을 관측했고 이에 더해 이러한 억제 효과가 장내 미생물의 특...
    Date2024.02.22 By생명과학과 Views36
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  18. 김정진(행동 유전학 실험실, 김대수 교수)

     ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 우리 뇌 안에는 무수한 억제성 회로가 있지만, 그들의 정보 전달 방식에 대해서는 잘 밝혀져 있지 않습니다. 본 연구팀은 기저핵에서 나오는 억제성 신호들이 어떠한 방식으로 다양한 운동 신호를 처리하는가 ...
    Date2017.10.12 By생명과학과 Views3667
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  19. 김종원 (생체분자공학 연구실, 김학성 교수님)

    ▷인터뷰 1. 논문 내용과 의미를 설명해 주세요. 현재 민감도와 특이성이 높은 표적 물질의 검출 및 분석법이 다양하게 개발되고 있습니다. 대개는 신호 발생 물질인 효소를 나노입자나 항체에 화학적 결합을 통해 이용하고 있으나, 화학적 결합 방법은 불안정...
    Date2017.12.26 By생명과학과 Views2571
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  20. 김종원(생체분자공학 연구실, 김학성 교수님)

    <표적 특이적 유전자 전달 복합체의 구성 및 유전자 전달> 1. 배경지식 기존의 유전자 전달체는 바이러스성과 비바이러스성 전달체로 구분할 수 있습니다. 바이러스성 전달체는 높은 형질 발현율을 보이는 반면, 면역원성에 의한 안전성 문제를 갖고 있습니다...
    Date2018.05.14 By생명과학과 Views3802
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